अयोध्या राम मंदिर के लिए ध्वज डिजाइन करने वाले इतिहासकार डॉ. ललित मिश्र ने चंपत राय पर गंभीर आरोप लगाए हैं। उनका कहना है कि ट्रस्ट के महासचिव रहे चंपत राय मंदिर में भी भाई भतीजावाद को बढ़ावा दे रहे थे।